セイヨウミツバチを使った通常の養蜂では、花がたくさん咲いている場所に巣箱を置き、ミツバチが花の蜜を集め、蜂蜜にまでしたところを採取します。ニホンミツバチの場合、環境が気に入らないと、すぐにその巣箱から逃げ出して引越しをしてしまうという性質があるので、ニホンミツバチのもともとの生息地で養蜂を行います。
ミツバチは、体内の蜜胃（みつい）と呼ばれる部分に花の蜜を取り込んで巣まで運び、それを口移しで受け取った別のミツバチが巣に貯蔵し、濃縮加工して蜂蜜となります。
水分を蒸発させるために、羽を羽ばたかせるなどして、ミツバチたちがかいがいしく働いて加工し、糖分が80％ほどになると完成します。
完成した蜂蜜は、その蜂蜜の入っている巣穴に、巣を構成しているものと同じ「ミツロウ」で、ミツバチが蓋をします。
この蜂蜜を巣から取り出す方法には、遠心分離機を使う一般的な方法と、古来から伝わる自然に任せた方法とがあり、ニホミツバチの国産天然蜂蜜は、自然に任せた方法（たれみつ）で採取しています。
蜂蜜の入った巣を回転させることで、遠心分離機の内側の壁に蜂蜜が飛び出すので、十分回転させてから回転を止め、遠心分離機の外側の下についている小さなフタを開き、蜂蜜を取り出します。
取り出した蜂蜜を漉し布を使って、不純物などを取り除きます。
気温の高い夏場に巣を取り出して蓋をとりのぞき、巣から蜂蜜が流れ出てくるのを待ちます。その蜂蜜を漉し布を使って、不純物などを取り除きます。
